La Fundación coordina o participa en diferentes proyectos de ámbito europeo, de entre los cuales en los últimos años destacan los siguientes.
- Conectividad de los ecosistemas forestales y riparios del espacio SUDOE (2018-2021). La Fundación es uno de los socios que participa en el proyecto Conectividad de los ecosistemas forestales y riparios del espacio SUDOE, con el objetivo de reforzar la cooperación de los gestores de espacios naturales del espacio SUDOE a través del desarrollo y la aplicación de métodos conjuntos.
- LIFE e-Natura2000.edu: Supporting e-learning and open education for Natura 2000 managers (2018-2021). La Fundación, junto con 6 socios europeos, lanza este proyecto con el objetivo de mejorar la capacitación de los gestores de la Red Natura 2000. A partir de la identificación de las principales necesidades formativas existentes y a lo largo de 3 años se diseñarán y desarrollarán diferentes módulos y herramientas formativas que permitirán avanzar en la gestión eficaz de estos espacios naturales.
- LIFE RedBosques (2016-2019). RedBosques nace con el objetivo de mejorar la gestión de los bosques de la región mediterránea española incluidos en la Red Natura 2000, facilitando el acceso de los gestores y técnicos al mejor conocimiento disponible, de forma que lo puedan aplicar a su trabajo diario, en la incorporación de objetivos de conservación de la biodiversidad y de adaptación al cambio climático en sus actuaciones.
- Red Natura y Fondos Europeos (2018). La Fundación Fernando González Bernáldez y EUROPARC-España están desarrollando el proyecto "Priorización de actuaciones y uso eficiente de fondos europeos para la gestión y el desarrollo rural en la red Natura 2000". Este proyecto cuenta con la cofinanciación del Fondo Social Europeo a través del Programa empleaverde de la Fundación Biodiversidad.
- European Volunteers in Parks, proyecto Grundtvig (2008-2014). Proyecto financiado por el programa Europeo Grundtvig destinado a la promoción del voluntariado ambiental en los parques.